Wilno dwukrotnie zostało wpisane do życiorysu s. Marii Faustyny Kowalskiej (Heleny Kowalskiej), urodzonej 25 sierpnia 1905 roku niedaleko Łodzi, we wsi Głogowiec w powiecie łęczyckim. Przyszła święta była trzecim dzieckiem z dziesięciorga potomstwa Stanisława i Marianny Kowalskich. W wieku 17 lat bezskutecznie prosiła rodziców o zgodę na wstąpienie do klasztoru. Gdy jednak dwa lata później, w 1924 roku, w czasie zabawy tanecznej usłyszała głos, który zaprowadził ją do pobliskiego kościoła, gdzie modląc się, usłyszała polecenie Pana Jezusa: Jedź do Warszawy, tam wstąpisz do klasztoru, natychmiast bez żadnych bagaży wyjechała do stolicy. Tam stukała do furt klasztornych aż do 1 sierpnia 1925 roku, kiedy to została przyjęta na postulantkę w Zgromadzeniu Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. Zgromadzenie to powstało w 1892 roku w Warszawie staraniem m. Teresy Potockiej w celu prowadzenia prac wychowawczych z dziewczętami, których życie moralne i materialne było zagrożone. O tym, jak działanie to było potrzebne, świadczy szybki rozwój zgromadzenia i otwieranie kolejnych placówek pod Warszawą, w Częstochowie i Płocku. W 1905 roku, po ukazie tolerancyjnym Mikołaja II, zgromadzenie kupiło w Wilnie posesję gen. Bykowskiego u podnóża wzgórz antokolskich przy ul. Senatorskiej 25 (obecnie. Grybo 29). Nowy Dom Schronienia i Opieki dla dziewcząt i kobiet został poświęcony w 1909 roku, a jego pierwszą przełożoną była m. Aniela Emilia Popławska.

Siostra Faustyna przebywała w domu zakonnym Zgromadzenia Sióstr Matki Miłosierdzia w roku 1929 i w latach 1933 – 1936. Pierwszy jej pobyt w grodzie nad Wilią trwał od lutego do kwietnia 1929 roku; w tym czasie zastępowała ona siostrę, która odbywała trzecią probację. Po czterech latach, w maju 1933 roku, po złożeniu ślubów wieczystych wróciła do Wilna, aby zająć się prowadzeniem gospodarstwa ogrodniczego zgromadzenia. Do dnia dzisiejszego zachował się dom klasztorny, w którym miała swoją celę siostra Faustyna. Po latach użytkowania przez Dom Dziecka został on niedawno odnowiony i odtworzono w nim celę świętej, a także zgromadzono nieliczne pamiątki i fotografie. Przed znajdującym się tam obrazem Jezusa Miłosiernego pielgrzymujący odmawiają koronkę do Miłosierdzia Bożego oraz uczestniczą we Mszy świętej.

27 maja 1933 roku Faustyna w Dzienniczku napisała: Dziś jestem już w Wilnie. Maleńkie chałupki – porozrzucane – stanowią klasztor. Trochę mi się to wydaje dziwne po józefowskich gmachach. Sióstr tylko 18. Mały domek, ale wielkie zżycie wspólne. Wszystkie siostry przyjęły mnie bardzo serdecznie, co mi było wielką zachętą do znoszenia trudów, jakie na mnie czekały…

Nie był to czas łatwy dla św. Faustyny. Kilkanaście dni później notuje: Zaczęły się dni pracy, walki i cierpień. Wszystko idzie swoim trybem zakonnym. Człowiek jest zawsze nowicjuszem, musi się wiele rzeczy uczyć i poznawać, bo chociaż reguła ta sama, to jednak każdy dom ma swoje zwyczaje, a więc każda zamiana, to malutki nowicjat… Pan Jezus nie opuszcza jednak tej, którą wybrał na apostołkę Bożego miłosierdzia. Właśnie w Wilnie poznaje ona swego nowego, tak dobrze rozumiejącego ją spowiednika, ks. Michała Sopoćkę. To o nim Jezus powiedział do siostry Faustyny: Jak będziesz postępować ze spowiednikiem, tak Ja będę postępował z tobą. Jeżeli będziesz się ukrywać przed nim, chociażby to była najmniejsza łaska moja, to i Ja ukryję się przed tobą i zostaniesz sama. Z polecenia tego kapłana siostra Faustyna zaczęła prowadzić „Dzienniczek” „Miłosierdzie Boże w duszy mojej”.

To właśnie ks. Sopoćko poznał ją w styczniu 1934 roku z wileńskim malarzem Eugeniuszem Kazimirowskim, który namalował zgodnie z jej wskazówkami pierwszy obraz Jezu – ufam Tobie. Przez wiele dni siostra Faustyna przemierzała wileńskie ulice, udając się z Antokolu na Rossę 2, gdzie mieściła się pracownia artysty. Na prośbę swego ojca duchowego przyszła święta spytała Pana Jezusa o znaczenie promieni na obrazie. 26 października 1934 roku, wracając z dziewczętami z ogrodu na kolację, ujrzała Pana Jezusa w takiej postaci, jak Go widziała w Płocku, z promieniami bladym i czerwonym. Promienie ogarniały kaplicę Zgromadzenia, infirmerię wychowanek i rozeszły się na cały świat. W czasie modlitwy usłyszała wyjaśnienie: Te dwa promienie oznaczają Krew i Wodę; blady promień oznacza Wodę, która usprawiedliwia duszę; czerwony oznacza krew, która jest życiem dusz… te dwa promienie wyszły z wnętrzności Miłosierdzia Mojego wówczas, kiedy konające Serce moje zostało włócznią otwarte na krzyżu.

Jak wiadomo, Faustyna nie była zadowolona z wyników pracy E. Kazimirowskiego i gdy płakała z tego powodu, skarżąc się Jezusowi, że nie potrafi dobrze wykonać Jego polecenia, usłyszała głos Pana: Nie w piękności farby ani pędzla jest wielkość tego obrazu, ale w łasce mojej.

Obraz Miłosierdzia Bożego dzięki staraniom ks. Sopoćki został po raz pierwszy publicznie wystawiony w Ostrej Bramie 22 kwietnia 1935 roku, a następnie po poświeceniu w Niedzielę Przewodnią 1937 roku umieszczony w kościele św. Michała w Wilnie. Od 1987 roku znajdował się w kościele Świętego Ducha. Obecnie obraz pędzla Kazimirowskiego znajduje się w Sanktuarium Miłosierdzia Bożego (dawnym kościele Świętej Trójcy) w Wilnie. W 2005 roku, po przenosinach obrazu z wileńskiego kościoła pw. Świętego Ducha do wyżej wymienionego sanktuarium, obraz pozbawiony został napisu „Jezu ufam Tobie”. W międzyczasie miał miejsce konflikt między wileńskimi Polakami, którzy chcieli pozostawienia obrazu w kościele Św Ducha, a biskupem, który podjął inną decyzję; Polacy odwołali się bezpośrednio do Papieża, który jednak ich nie poparł. Napis ten, umieszczony na osobnym blejtramie, powstał i oprawiony został razem z obrazem po jego konserwacji w roku 2003. Miał na celu przede wszystkim zasłonięcie półkolistej wnęki w ołtarzu w kościele Świętego Ducha, która była większa od obrazu. Po przenosinach do kościoła Świętej Trójcy, pod obrazem, na ozdobnej ramie wkrótce pojawiła się – tak jak za życia św. Faustyny – mosiężna, grawerowana tabliczka z napisem „Jezu, ufam Tobie” w języku polskim.
Przed tym obrazem we wrześniu 1993 roku Jan Paweł II odmówił koronkę do Miłosierdzia Bożego, która jest tam teraz codziennie o godzinie 15 odmawiana po polsku. Modlitwa ta została podyktowana św. Faustynie w grodzie nad Wilią w piątek 13 września 1935 roku.

W Wilnie nastąpiło pogorszenie stanu zdrowia siostry Faustyny, pierwsze objawy choroby płuc dały o sobie znać, w sierpniu 1934 roku, gdy nagle zasłabła. Choroba zadecydowała o przeniesieniu jej z Wilna do Walendowa, a następnie do Krakowa i Prądnika, gdzie lekarze postawili diagnozę – gruźlica. Nieuleczalnie chora siostra spędziła resztę życia w sanatorium, gdzie ofiarowując swe cierpienia za grzeszników, oddała Panu ducha 5 października 1938 roku w wieku 33 lat.
18 kwietnia 1993 roku Ojciec Święty Jan Paweł II wyniósł ją do chwały ołtarzy, a 30 kwietnia 2000 roku zaliczył do grona świętych Kościoła. Jej relikwie znajdują się w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach.